Początki Zakładu Ochrony Przyrody Obszarów Wiejskich sięgają roku 1953, kiedy to w nowo powołanym Instytucie Melioracji i Użytków Zielonych powstał Dział Kształtowania Środowiska Przyrodniczego , przekształcony w kolejnym roku działania Instytutu w samodzielny Zakład Kształtowania Środowiska Przyrodniczego . W roku 1957 znienił nazwę na Zakład Przyrodniczych Podstaw Melioracji , do którego włączono w roku 1969 Zakład Wykorzystania Torfowisk . W roku 1992 Zakład Przyrodniczych Podstaw Melioracji przekształcony został w Zakład Ekorozwoju Przestrzeni Rolniczej , by ostatecznie 1998 roku przyjąć dzisiejszą nazwę.

Od początku istnienia Zakładu prowadzono studia związane z problemami przekształcania środowiska przyrodniczego siedlisk hydrogenicznych . Wynikiem tego jest zgromadzona przez 50 lat wiedza oraz dane parametryczne o mokradłach Polski, unikalny w skali kraju zbiór materiałów zachowujących pełną merytoryczną ciągłość z pracami wybitnych torfoznawców przedwojennych.

W zakładzie stworzono polską szkołę gleb hydrogenicznych i współtworzono podwaliny polskiego łąkarstwa .