Do dorobku Instytutu i jego najważniejszych osiągnięć zaliczyć należy:

• posiadanie unikatowych w skali światowej wyników badań, prowadzonych nieprzerwanie od prawie pół wieku na największych mokradłach kraju: w dolinach Biebrzy, Narwi, Noteci i rzek Polesia Lubelskiego;

• powstanie w Instytucie polskiej szkoły gleb torfowych i agromelioracji gleb ciężkich oraz stworzenia podwalin polskiego łąkarstwa;

• prowadzenie monitoringu środowiska w wybranych zlewniach rzecznych w zakresie: stanów wód powierzchniowych i gruntowych, jakości wód (opadowych, powierzchniowych i gruntowych), gleb i szaty roślinnej, emisji i imisji związków azotu z produkcji zwierzęcej, badań bakteriologicznych w wodach gruntowych.

Instytut jako jedyna placówka naukowa w resorcie rolnictwa:

• specjalizuje się w opracowywaniu metod praktycznych działań ograniczających ujemny wpływu produkcji rolnej na jakość wody, gleby i atmosfery;

• gromadzi wyniki wieloletnich badań i obserwacji hydro- i meteorologicznych z sieci zlewni doświadczalnych, które umożliwiły opracowanie szeregu metod wykorzystywanych w rozwiązywaniu problemów ochrony terenów rolniczych przed powodzią i suszą;

• prowadzi kompleksowe badania naukowe i prace badawczo-rozwojowe dotyczące trwałych użytków zielonych oraz zaopatrzenia wsi w wodę i wiejskich oczyszczalni ścieków, w tym oczyszczalni biologicznych